Nouvelle publication de Bastien Macé, David Mouillot, Alicia Dalongeville, Morgane Bruno, Julie Deter, Alix Varenne, Anaïs Gudefin, Pierre Boissery et Stéphanie Manel dans Molecular Biology, basée en partie sur des échantillons des projets PISCIS et eREF auxquels Andromède océanologie a participé.
The Tree of Life eDNA metabarcoding reveals a similar taxonomic richness but dissimilar evolutionary lineages between seaports and marine reserves
https://doi.org/10.1111/mec.17373 ; en open access sur https://onlinelibrary.wiley.com/doi/full/10.1111/mec.17373
Résumé : Les zones côtières abritent une grande partie de la biodiversité marine, mais sont gravement menacées par des pressions humaines de plus en plus fortes. La transformation des côtes naturelles en paysages marins urbains par l’artificialisation des habitats peut entraîner une perte de biodiversité et de fonctions essentielles des écosystèmes. Pourtant, on ne sait toujours pas dans quelle mesure les ports maritimes diffèrent des habitats naturels et des réserves marines situés à proximité dans l’ensemble de l’arbre de la vie (tree of life). Cette étude visait à évaluer le niveau de diversité α et β entre les ports maritimes et les réserves, et à déterminer si ces modèles de biodiversité sont conservés à travers les taxons et les lignées évolutives. Pour ce faire, nous avons utilisé le metabarcoding de l’ADN environnemental (ADNe) pour étudier six ports maritimes de la côte méditerranéenne française et quatre réserves marines strictement interdites à la pêche situées à proximité. En ciblant quatre groupes différents – procaryotes, eucaryotes, métazoaires et poissons – avec des marqueurs appropriés, nous fournissons une vision holistique de la biodiversité dans des habitats contrastés. En l’absence de bases de données de référence complètes, nous avons utilisé des pipelines bioinformatiques pour rassembler des séquences similaires en unités taxonomiques opérationnelles moléculaires (MOTU). Contrairement à nos attentes, nous n’avons pas obtenu de différence de richesse en MOTU (α-diversité) entre les habitats sauf pour les procaryotes et les poissons menacés dont la diversité est plus élevée dans les réserves que dans les ports maritimes. Cependant, nous avons observé une dissimilitude marquée (β-diversité) entre les ports maritimes et les réserves pour tous les taxons. De manière surprenante, cette signature de biodiversité des ports maritimes a été préservée à travers l’arbre de vie, jusqu’à l’ordre. Ce résultat révèle que les ports maritimes et les réserves marines voisines partagent peu de taxons et de lignées évolutives le long des côtes urbanisées et suggère des différences majeures en termes de fonctionnement de l’écosystème entre les deux habitats.