Diversité cachée chez les poissons : l’effet des pressions humaines, de l’habitat et des traits de vie des espèces

« Human pressure, habitat heterogeneity and species traits jointly determine the level of dark diversity in coastal fish communities » par Sanchez et al. vient tout juste d’être publié dans Ecography.

Article complet : https://nsojournals.onlinelibrary.wiley.com/doi/10.1002/ecog.08522

comment le citer ? Sanchez, L., Rolland, J., Barroil, A., Bertrand, C., Blandin, A., Boissery, P., Bockel, T., Charbonnel, E., Deter, J., Hocdé, R., Holon, F., Juhel, J.-B., Loiseau, N., Macé, B., Maire, A., Manel, S., Orblin, M., Pichot, F., Riutort, J.-J., Romant, L., Simide, R., Valentini, A., Velez, L. and Mouillot, D. (2026), Human pressure, habitat heterogeneity and species traits jointly determine the level of dark diversity in coastal fish communities. Ecography e08522. https://doi.org/10.1002/ecog.08522

Résumé : Comprendre comment les pressions anthropiques et les gradients environnementaux façonnent les communautés de poissons côtiers est une question centrale en biogéographie et en conservation marine. Pourtant, l’ensemble des espèces dont la présence serait attendue sur un site compte tenu des conditions écologiques, mais qui y sont absentes – ce que l’on appelle la « diversité cachée » – a fait l’objet de bien moins d’attention que les espèces observées, même si ces premières recèlent des informations essentielles sur les extinctions locales et l’efficacité des mesures de conservation. Quantifier la diversité cachée en mer est particulièrement difficile, car de nombreuses espèces sont rares, cryptobenthiques ou mobiles, tandis que l’effort d’échantillonnage est rarement standardisé. Nous avons ici combiné 930 échantillons d’ADN environnemental (ADN-e) prélevés sur 401 sites répartis sur 2 000 km de la côte méditerranéenne française avec une cartographie à haute résolution des habitats, des pressions anthropiques et des niveaux de protection. À l’aide d’un modèle bayésien d’affinité de la diversité cachée (DDA) qui tient explicitement compte de l’effort d’échantillonnage, nous avons décomposé les corrélats de l’absence d’espèces en caractéristiques des sites et en traits des espèces, en séparant les signaux liés à la dispersion de ceux liés à la sensibilité. Au niveau des sites, l’effort de pêche, le trafic maritime et les habitats artificiels étaient associés à une DDA plus élevée, et donc à un déficit d’espèces, tandis que les zones protégées et les habitats naturels diversifiés étaient associés à une DDA plus faible, augmentant ainsi la probabilité d’observer des communautés de poissons plus complètes. Au niveau des espèces, les espèces démersales et prédatrices, ainsi que celles qui portent leurs œufs (par exemple, de nombreux élasmobranches), ont présenté, par rapport aux espèces dont les œufs sont démersaux ou pélagiques, le DDA le plus élevé, ce qui suggère des extinctions locales liées à une combinaison de dispersion limitée et de sensibilité accrue aux pressions cumulatives. Au-delà de la création d’aires marines protégées, la préservation de l’hétérogénéité des habitats et l’atténuation des pressions côtières apparaissent donc comme des leviers essentiels pour limiter l’érosion locale de la biodiversité piscicole. Plus largement, l’association de l’ADN environnemental (eDNA) à un cadre de DDA corrigé en fonction de l’effort d’échantillonnage offre un repère transposable pour évaluer où, et pour quelles espèces, les efforts de conservation sont les plus nécessaires.