Un levé sonar est réalisé en bâteau afin de cartographier et identifier la nature des fonds sous-marins de la réserve et ses alentours.
Couplées aux images aériennes des drônes, une carte des habitats peut être dressée : mangrove, herbier (Enhalus acoroides), récif corallien, vase…
En fonction des habitats, différentes espèces vont être trouvées avec par exemple le dipneuste en mangrove, l’hippocampe dans l’herbier, le poisson perroquet dans le récif et la limule dans la vase.